Dalam rangka melaksanakan tugas dan fungsi, BBPK Makassar mengacu pada Peraturan Menteri Kesehatan Nomor : 11 Tahun 2023 tentang Organisasi dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis Bidang Pelatihan Kesehatan di Lingkungan Kementerian Kesehatan dengan struktur organisasi sebagai berikut :
Balai Besar Pelatihan Kesehatan Makassar mempunyai tugas Melaksanakan pengelolaan pelatihan tenaga kesehatan dan melaksanakan pengelolaan pelatihan tenaga pendukung/ penunjang kesehatan berdasarkan usulan Kepala Pusat Pengembangan Kompetensi Aparatur Sipil Negara setelah mendapat persetujuan dari Direktur Jenderal.
UPT Bidang Pelatihan Kesehatan menyelenggarakan fungsi:
a. penyusunan rencana, program, dan anggaran;
b. pelaksanaan pelatihan manajemen, teknis, teknis non kesehatan, fungsional, dan pelatihan unggulan tertentu;
c. pelaksanaan pengembangan metode dan teknologi pelatihan manajemen, teknis, teknis non kesehatan, fungsional, dan pelatihan unggulan tertentu;
d. pelaksanaan penjaminan mutu penyelenggaraan pelatihan manajemen, teknis, teknis non kesehatan, fungsional, dan pelatihan unggulan tertentu;
e. pelaksanaan uji kompetensi;
f. pelaksanaan kerja sama dalam negeri dan luar negeri di bidang pelatihan manajemen, teknis, teknis nonkesehatan, fungsional, dan pelatihan unggulan tertentu;
g. pengelolaan data dan sistem informasi pelatihan manajemen, teknis, teknis non kesehatan, fungsional, dan pelatihan unggulan tertentu;
h. pelaksanaan bimbingan teknis di bidang pelatihan manajemen, teknis, teknis non kesehatan, fungsional, dan pelatihan unggulan tertentu;
i. pemantauan, evaluasi, dan pelaporan; dan
j. pelaksanaan urusan administrasi UPT Bidang Pelatihan Kesehatan.
Untuk menunjang kelancaran pelaksanaan tugas sehari-hari khususnya dalam bidang Administrasi, Pengembangan Pegawai di bidang lainnya, dan kebutuhan organisasi serta pencapaian tujuan organisasi maka Kepala BBPK Makassar membentuk Tim Kerja sebagai berikut :
